Tokat'ta doğdu. Kadı Ömer Efendi'nin oğludur. İlk eğitimini babasından aldıktan sonra İstanbul'a gitti ve devrin tanınmış âlimlerinden ders görerek yetişti. Ruûs imtihanına girip müderrislik ruûsunu kazandı ve 1196'da (1782) müderris oldu. Ardından kadılık görevine geçti, Anadolu ve Rumeli Nin birçok yerinde kadılık yaptı. Rumeli Kazaskeri Osmanpaşazâde İzzet Bey'in şeriatçılık memurluğunda bulundu; mahreç mevleviyetini elde ederek Yenişehr-i Fenâr kadılığına tayin edildi. Bir süre mâzul kaldıktan sonra önce Mekke pâyesini elde etti, 1818'de de İstanbul kadılığına getirildi. 1824'te Anadolu kazaskeri oldu. 26 Kasım 1825'te Mekkîzâde Mustafa Âsım Efendi'den boşalan şeyhülislâmlık makamına tayin edildi. Bu makama getirilmesinde II. Mahmut'un Yeniçeri Ocağını kaldırma düşüncesi etkili olmuştur. II. Mahmud çok takdir ettiği, ancak yumuşaklığı sebebiyle askere karşı çıkamayacağını düşündüğü Âsım Efendi'nin yerine kararlı gördüğü Kadızâde'yi şeyhülislâm yapmıştır.
Yeniçeri Ocağı'nın kaldırılması arefesinde sık sık toplanan meşveret meclislerinde Kadızâde Mehmed Efendi etkili rol oynamıştır. 25 Mayıs 1826 tarihinde onun konağında yapılan, mülkî ve askerî erkânla ulemâdan oluşan geniş bir kadronun katıldığı meşveret meclisinde Batı usulünde tâlim istemeyen yeniçerilere karşı savaş tâliminin gerekliliğine şeyhülislâm fetva vermiş ve eşkinci adıyla tâlimli bir askerî birliğin teşkili kararlaştırılmıştır. Bununla ilgili hüccet-i şer'iyye yazılarak ulemâdan başka devlet erkânına ve hatta ocak ağalarına da imza ettirilmiştir. Muhtemel olaylara karşı Topkapı Sarayı'nda sancak-ı şerif çıkarılmış, başta şeyhülislâm olmak üzere bütün ulemâ, 3500 talebe sancak altında toplanmış ve karşı çıkacak âsilerin tenkisine karar verilmişti. Şeyhülislâm ocağın kaldırılmasına dair fetvayı padişaha sunmuş ve kendisine bir elmas yüzük hediye edilmişti. Kadızâde ayrıca Nizâm-ı Cedîd askerine miğfer giydirilmesi konusunda da padişahı desteklemiş ve kavuk yerine miğfer gelebileceğine dair fetva vermiştir. 1828-1829 Osmanlı-Rus savaşında toplanan bir umumi meşveret meclisinde Reîsülküttâb Pertev Efendi'nin muhalefetine rağmen Ruslar'la barış yapılmasını teklif ederek bu yolda bir kararın çıkmasını da sağlamıştır.
Kadızâde, iki buçuk yıl kadar süren şeyhülislâmlığının ardından 6 Mayıs 1828 tarihinde yaşlılığı dolayısıyla görevden ayrıldı. Vefatında Eyüpsultan'da Bostan İskelesi yakınında yaptırdığı mezarına defnedildi. İlmiyye Salnâmesi'nde yedi adet orijinal fetvası yer almıştır. Kadızâde'nin meşihatta bulunduğu müddet zarfında adaletten ayrılmadığı, inandığı yeniliklerde padişahı desteklemekle birlikte yer yer ona karşı çıktığı anlaşılmaktadır. Nitekim II. Mahmud'un ulemâya fes giydirme isteğini benimsemediği ve bu konuda fetva vermediği bilinmektedir.
Kadızâde Mehmed Efendi bazı eserler de kaleme almıştır. Nûriye adlı Türkçe kitabının girişinde kendisinin Kādirî tarikatına mensup olduğunu, eserinde tasavvufun çeşitli konularını ele aldığını ve onu kırk bir bölüm halinde düzenlediğini bildirmektedir (İstanbul Belediyesi Atatürk Kitaplığı, Osman Ergin, nr. 401). Ayrıca Risâle fî Tahkīk-i Lafzı Türkî adlı bir eseri daha bulunmaktadır (Süleymaniye Ktp., Esad Efendi, nr. 926, vr. 47a-b). İstanbul Belediyesi Atatürk Kitaplığı'nda kayıtlı (Muallim Cevdet, nr. K. 576) Fetâvâ Mecmuası Kadızâde'ye ait olmayıp mecmuada onun kısa bir biyografisi ile bir fetvası yer almaktadır . Bazı kaynaklarda Kadızâde'nin Şerhu Kelimeti't-Tevhîd, Tefsîr-i Sûre-i İhlâs ve Talâk Hakkında Bir Risâle gibi eserleri bulunduğundan bahsedilmekte ise de bunların nüshalarına henüz rastlanmamıştır.