Hz. Ali'nin oğlu. Annesi, Havle binti Ca'fer bin Kays-ı Hanefiyye olduğu için, İbn. Hanefiyye denilir.
Hicretin 21'nci senesinde doğdu.
6901 da Medine'de vefat etti.
Muhammed Hanif, Muhammed Hanefiyye ve Muhammed-ül-Ekber de denir.
İsmi Muhammed, künyesi Ebül-Kasım.
Nesebi, Muhammed bin Ali bin Ebi Talib bin. Abdulmuttalib bin Haşim bin Abd-i Menaf bin Kusey'dır.
Künyesinin Ebül Kasım olması, Peygamber efendimiz tarafından Hz. Ali'nin evladına verilen hususi bir izin iledir.
Hz. Münzir-i Sevri buyuruyor ki;
''Ben, bir defa Muhammed bin Hanefiyye'ye dedim ki, senin hem ismin hem de künyen,
Peygamber efendimizin isim ve künyesi gibidir.
Bu ise, caiz midir?''
Cevap verdi ki; ''Ben, babam Hz.Ali'den duydum. Buyurdu ki, Resulullah'a (s.a.v.) arz ettim ki;
''Ya Resulallah, sizden sonra Allah'ü Te'ala bana bir erkek evlad ihsan ederse ismini ve künyesini sizin mübarek isminiz ve künyeniz gibi versem bir mahzuru var mıdır?''
Resulullah (s.a.v.) bana buyurdu ki; ''Evet oğlunuzun ismini ve künyesini benim ismim ve künyem ile verebilirsiniz.
Lakin ondan başka, ismimin ve künyemin aynı kişide birlikte bulunması helal değildir.''
Babam bunu söyledi ve bana buyurdu ki, ''Resûlullah'dan (s.a.v.) müsaade almıştım.
Onun için sana, Muhammed ismini ve Ebül-Kasım künyesini verdim''.
Ebu Hamza buyuruyor ki; ''Bir gün bir kimse Muhammed bin Hanefiyye'nin yanına geldi ve Esselamu Aleyke Ya Mehdi diye selam verdi.
İbn-i Hanefiyye buyurdu ki; Doğru söylüyorsun.
Ben insanları, hidayete doğru yola ve hayra davet etmek ve doğru yolu göstermek bakımından Mehdi'yim.
Lakin ahir zamanda gelecek olan Mehdi (a.s.) değilim, öyle anlaşılmasıası için bana selam vereceğiniz zaman ''Esselamu Aleyke Ya Muhammed veya Ya Eba Kasım'' deyin.
Başka isim ile hitab etmeyiniz, buyurdu.
Muhammed bin Hanefiyye, ilimde üstün derecelere sahipti. Hz. Abdullah İbn. Abbas ile beraber,
fıkh, hadis, tefsir gibi ilimleri kitaplara yazdılar.
Hz. Muhammed bin Hanefiyye haramlardan ve şüpheli şeylerden sakınmakda ve güzel huyları kendinde toplamakda çok üstün olup, bu haliyle mübarek babaları, Hz. Ali'nin hususi muhabbet ve takdirine mazhar olmuştu.
Muhammed İbn-i Hanefiyye Cemel ve Sıffin Muharebelerine karışmak istemedi ise de, babası ''Babanın bulunduğu tarafın haklı olduğundan şüphen mi var?'' sözü üzerine babasının yanında yer almış ve babasının sancağını taşımıştır.
Kahramanlık ve şecaatde eşsiz idi.
Hz. Ali şehid olduktan sonra Abdullah İbn. Zübeyr
ve Abdülmelik bin Mervan arasındaki hadiselere karışmamak için Kufe'ye hicret etti.
Hz. İbn-i Abbas Taif'de 684'de vefat edince cenaze namazını Muhammed bin Hanefiyye (r.a.) kıldırdı. Muhammed bin Hanefiyye (r.a.), Kufe'de iken, iki defa hac yapmak istedi ise de siyasi karışıklıklar sebebi ile yapamadı, ikinci defa da hac yapamayınca çok sayıda kimse etrafında toplanıp, ''Biz sizin emrinizdeyiz. Eğer emrederseniz harb bile yaparız.'' dediklerinde, İbn-i Hanefiyye (r.a.), onlara çok güzel nasihat ve tavsiyelerde bulunup, hepsini sakinleştirdi.
Daha sonra Abdülmelik bin Mervan duruma hakim olup, herkes kendisine biat etti.
Muhammed bin Ömer, İbn-i Hanefiyye'ye bir mektub yazarak buyurdu ki; ''Ben Abdülmelik'e biat ettim.
Siz de biat edin. Çünkü biat edilmiyecek hiçbir sebeb kalmamıştır.
Bütün ümmet Abdülmelik'e biat etti.''
Bunun üzerine Muhammed bin Hanefiyye, Abdülmelik'e bir mektub yazdı.
Mektubunda buyurdu ki, ''Bismillahirrahmanirrahim. Bu mektub, Muhammed bin Ali'den mü'minlerin emiri Abdülmelik'e.
Ben bu ümmetin içinde meydana gelen ihtilaflardan uzak durdum ve hiç kimseye biat etmemiştim.
Artık bu ihtilaflar bitti ve herkes sana biat etti.
Biliniz ki ben de bu ümmetten biriyim.
Sulh ve iyilik isterim. Ben de sana biat ettim.
Gördüm ki, insanlar sizin etrafınızda toplandı,
isterim ki siz de vefakarlık yaparsınız.
Eğer haksızlık ve zulüm yaparsanız hiçbir hayrınız kalmaz.
Buna rağmen bize haksızlık yaparsanız ve biatimizi kabul etmezseniz, biliniz ki yer yüzü geniştir.''
Abdülmelik bin Mervan mektubu okuyup etrafındakilerle istişare ettikten sonra yazdığı cevabı mektubda şöyle dedi;
''Ey Muhammed bin Ali, siz bize yakınsınız. Akrabamsınız. Madem ki siz bize biat ettiniz, biliniz ki, sizin biatinizi kabul ettim.
Size va'd ediyorum ki, siz bundan sonra Allah'ü Te'ala'nın ve Resulünün emanındasınız.
Bizden size ve arkadaşlarınıza hiçbir zarar gelmez.
Şehrinize dönüp, istediğiniz gibi hareket ediniz. Ben sağ oldukça size hiç kimse bir zarar veremez.''
Bunun üzerine Muhammed bin Hanefiyye, Medine-i Münevvere'ye döndü.
Baki mevkiinde bir ev yaptırıp, oraya yerleşmek arzusunda olduğunu Halife Abdülmelik'e bildirdi.
Halife derhal evi kendisi yaptırdı.
Muhammed bin Hanefiyye ailesi ile beraber o eve yerleşti. 690'de Medine'de vefat etti.