Kasabanın yerleşim alanı dışındaki düzlükte eski mezarlığın içindedir. İlkçağ’da adı Ainos olan Enez, tarih içinde önemli bir ticaret ve liman şehri olarak gelişmiş, Edirne’nin Meriç yoluyla denize bağlantısını sağlayan bir iskele olmuştur. Türbenin adını taşıdığı Yûnus Bey’in aslen ihtida etmiş bir Katalan ‘’İspanyol’’ olduğuna dair kaydın doğruluk derecesini kontrol mümkün değildir.
Donanma kumandanı Hamza Bey’in Sakız adası seferi arkasından 1455 yazında Osmanlı donanmasının başına getirilen Has Yûnus Bey, denize açıldığı ilk seferinde bir fırtınaya yakalanarak gemilerinden yedisini kaybetmiş, kendi sancak gemisi güçlükle Sakız’a sığınabilmiş, on iki gemisi de Midilli Limanı’na ulaşabilmiştir.
Kritobulos ve Dukas adlı Bizanslı tarihçilerin verdiği bilgilere göre Sakız önünde, içinde Midilli Dukası Gattelusio’nun kayınvâlidesinin de bulunduğu bir gemiyi ele geçirmeye çalışmış, daha sonra Anadolu kıyılarında Yenice Foça’da Ceneviz tüccarlarını yakalamış ve ganimet toplayarak kasım ayı içinde donanmanın üssü olan Gelibolu’ya dönmüş, hediyeleriyle esirleri sultana sunarak durumunu düzeltmeye çalışmıştır. Has Yûnus Bey bunun ardından Enez’in fethine katıldı.
Uzun süre Bizans hâkimiyetinde kalan şehir, İmparator V. Ioannes Palaiologos’un kız kardeşi Maria Palaiologina, Ceneviz Francesco Gattelusio ile evlenince Midilli adası ile birlikte gelinlik çeyizi olarak ona verilmişti. Bundan sonra Cenovalı asil aileler arasında çeşitli iktidar mücadelelerine sahne olan Enez, 1455 yılı kışı ortasında Fâtih Sultan Mehmed kumandasındaki Osmanlı ordusu ve on kadırgadan oluşan donanma tarafından kuşatma altına alındı.
Bu esnada kasabanın idarecisi olan Dorino Gattelusio kışlamak üzere Semendirek adasına çekildi, Enez halkı da çaresiz kaldığından 1456 Ocak ayı içinde kaleyi teslim etti.
