Dağıstan'ın Karabağ eyaletinde doğdu.
Babası Safîoğulları'ndan Molla Ahmed, annesi Medine Hanım'dır.
İlk tahsilini önce babasından, sonra Karabağ'da Seyyid Abdülaziz Çelebi'den gördü.
Burada Arapça ve Farsça gramer bilgilerinin yanı sıra din ilimlerinin tahsilinde temel sayılan metinleri okudu.
1900 yılında ailesiyle birlikte hicret ederek önce Van'a, sonra Tokat'a gitti;
ailesi Zile ilçesine bağlı Tevfikiye köyünde iskân edildi.
Bekir Hâki o tarihte Tokat müftüsü olan Hacı Osman Efendi'nin derslerine devam ederek icâzet aldı.
Bundan sonra İstanbul'a gitmek istediyse de o sıralarda talebe-i ulûmun İstanbul'a gitmesine izin verilmediğinden bu arzusunu ancak 1912'de gerçekleştirebildi.
Tokat'ta çok iyi yetişmiş olan Bekir Hâki Efendi, gerek disiplinli çalışması gerekse zekâsı sayesinde, talebelik hayatının bundan sonraki bölümünde girdiği her seviyedeki imtihanı üstün derecelerle kazanmıştır.
İstanbul'un Süleymaniye semtindeki Yoğurtçuoğlu Medresesi'ne yerleşerek Fatih dersiâmlarından Muharrem Lutfi Efendi'nin derslerine devam etti ve Haziran 1912'de ondan icâzet aldı. Aynı yıl İstanbul'da ilk defa açılan Medresetü'l-vâizîn imtihanını kazandı.
28 Haziran 1913'te Meclis-i Kebîr-i Maârif'te açılan imtihanı birincilikle kazandığı için Maarif Nezâreti tarafından Üsküp Dârülmuallimîni edebiyyât-ı Fârisiyye hocalığına tayin edildiyse de bazı sebeplerden ötürü bu göreve gidemedi.
1914 yılında açılan "ruûs imtihanı"nı üstün başarı ile kazanarak müderris unvanını aldı ve
27 Eylül 1914 tarihinden itibaren Beyazıt Dârülhilâfet-i Aliyye Medresesi ikinci sınıf birinci şube sarf ve lugat müderrisliğine tayin edildi.
Bir yandan da Mekteb-i Kudât'a yazılarak 26 Haziran 1915'te buradan mezun oldu, böylece nâib kadı olma hakkını kazandı.
14 Mayıs 1917'de Muhallefât-ı Umûmiyye Kassamlığı dördüncü sınıf kâtipliğine,
18 Ağustos 1918'de Dârülhikmet-i İslâmiyye ikinci sınıf kâtipliğine, 22 Eylül 1920'den itibaren de İstanbul Kadılığı ikinci sınıf kâtipliğine tayin edildi.
15 Kasım 1920'de ise önceki memuriyeti olan Dârülhikmet-i İslâmiyye ikinci sınıf kâtipliğine tekrar getirildi.
12 Ağustos 1922'de Mahmud Paşa Mahkeme-i Şer'iyye ikinci sınıf kâtipliğine tayin edildi.
28 Kasım 1923'te İbtidâ-i Dâhil Medresesi ferâiz ve intikal müderrisi, 26 Ocak 1924'te ise Sahn Medresesi belâgat-ı Arabiyye müderrisi oldu.
4 Kasım 1924 tarihinde tevhîd-i tedrîsat kanunu ile medreseler lağvedilince görevine son verilen ve çok yetersiz olan dersiâm maaşıyla geçinmek zorunda kalan Bekir Hâki Efendi İstanbul Barosu'na bağlı olarak dokuz yıl avukatlık yaptı.
Soyadı kanunundan sonra Yener soyadını alan Bekir Hâki Efendi, 15 Haziran 1939'dan 1949'a kadar İstanbul Müftülüğü müsevvidliği yaptı.
Bu tarihte kendi isteğiyle emekli oldu; daha sonra üç yıl kadar Süleymaniye Kütüphanesi'nde tasnif işinde çalıştı ve 1953'te buradan da ayrıldı.
Aralık 1954'te tekrar memuriyete dönerek altı yıl süreyle Eminönü müftülüğü yaptı. 1961'den itibaren İstanbul merkez vâizliğine başladı.
Şehzadebaşı ve Fâtih camilerinde verdiği vaazlara kalabalık ve seçkin bir cemaat devam etmiştir.
4 Mart 1975'te doksan üç yaşında vefat etti ve Edirnekapı Kabristanı'na defnedildi.
